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报告概述

本协议由欧洲疾病预防控制中心（ECDC）发布，是EURGen-Net网络的操作支持文件，旨在标准化碳青霉烯耐药肠杆菌（CRE）暴发和新兴耐药机制的跨国调查流程。协议详细规定了研究对象的定义、纳入标准、数据收集与管理（包括微生物学、流行病学、临床数据和全基因组测序数据）、数据分析方法（流行病学描述分析和生物信息学分析）以及结果报告机制。它为EU/EEA及候选国家的参考实验室提供了统一框架，支持快速检测和响应跨境公共卫生威胁。读者可从中获知如何建立多国协作调查体系，以及如何应用基因组学技术追踪耐药菌传播。

报告的核心结论

标准化数据收集是跨国CRE调查的基础。

报告通过定义统一的病例定义、样本元数据和WGS数据提交格式，确保各国数据可比可聚合，从而支持快速确认多国暴发和传播范围，并减少信息偏差。

基因组与流行病学结合分析是识别传播链的关键。

报告要求同时提交WGS数据和患者流行病学数据，通过cgMLST分型和系统发育树分析，结合时间、地点、人群描述，可精准定位传播来源和途径，例如跨境医院转移或旅行相关感染。

早期检测和跨部门协作能有效遏制CRE广泛传播。

协议强调通过EpiPulse事件、EWRS通知和流行病情报等多种触发机制启动调查，并在初步结果后迅速与各国联络点共享，支持制定靶向防控措施，避免耐药基因和克隆在欧洲扩散。

报告回答的关键问题

如何定义CRE暴发调查的纳入标准？

报告建议基于分子标准、地理区域和时间范围制定病例定义，可包括特定病原体、ST型、耐药基因或表型。例如OXA-48阳性K. pneumoniae ST392感染且曾在Gran Canaria住院的旅行者。定义应尽可能覆盖所有关联病例，并可随调查进展调整。

CRE暴发调查需要收集哪些数据和样本？

需收集非重复临床或筛查分离株（优先第一株），并附带微生物学（菌种、AST结果）、流行病学（年龄、性别、住院史、旅行史）和临床数据（感染 vs 定植）。WGS数据应作为FASTQ文件提交，并通过EpiPulse平台上报AMRISO和AMRISO$AST字段。

全基因组测序数据如何用于CRE暴发分析？

WGS数据经质量控制和组装后，通过cgMLST分型（如E. coli使用Enterobase方案，K. pneumoniae使用Riddom方案）计算等位基因差异（基线10 ADs），生成系统发育树以确定聚类。还可通过ResFinder等工具预测耐药和毒力基因，并与公共数据库（如ENA）数据比对。

完整报告包含什么

  • 完整的病例定义示例和纳入排除标准：包括基于分子、地理和时间的多重条件，以及不同场景下的动态调整方法。
  • AMRISO和AMRISO$AST数据字段的详细规范：涵盖微生物学、流行病学、临床及AST所有变量，并标注必填字段和可选字段。
  • EpiPulse平台数据提交流程：包括事件标识符分配、数据模板使用、记录更新和删除机制。
  • 全基因组测序数据管理与共享指南：说明FASTQ提交、公共仓库存取号（ENA/SRA）使用、装配质量参数和EQA能力验证活动。
  • 生物信息学分析标准操作流程：包括SPAdes组装、cgMLST分型、系统发育构建（单连锁聚类）、以及耐药/毒力基因注释工具（ResFinder、Kleborate等）。
  • 流行病学描述分析方法：包括流行曲线绘制、地理分布图（NUTS区域）、人口学特征汇总表，以及使用ECDC Map Maker工具。
  • 调查触发机制及优先级：涵盖EpiPulse事件、EWRS通知、国家请求、流行病情报信号、极端耐药表型及新传播模式等五种情境。
  • 数据保护与访问政策：明确个人数据伪匿名化、存储期限（十年）、第三方访问条款，以及遵守EU 2018/1725法规。
  • 结果报告与发布流程：包括初步结果共享给OCP、ECDC快速风险评估、同行评审期刊发表，以及各国批准后才可公开的机制。
  • 患者暴露问卷模板：分为医疗提供者和患者部分，详细询问住院史、手术、医疗产品、旅行、动物接触及营养习惯，用于追溯感染源。

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